Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat. Sifat spektroskopik-termal asam nukleat memberi keistimewaan terhadap kmposisi dan struktur asam nukleat itu sendiri. Sifat spektroskopik-termal asam nukleat menurut Erwan Doni, meliputi:
1. Absorpsi UV
Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang bersifat aromatik. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan λmaks = 260 nm. Nilai absorrpsi asam nukleat lebih rendah dari nilai absorpsisinar UV protein yaitu λmaks = 280 nm. Sifat-sifat absorpsi UV asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi, kuantifikasi, dan perkiraan kemurniannya.
2. Hipokromisitas
Hipokromisitas adalah perbedaan nilai absorbansi sinar UV oleh basa-basa nitrogen dalam asam nukleat karena pengaruh lingkungan. Hikromisitas tertinggi terlihat pada nukleotida yang diisolasi, nilai sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA) atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA). Oleh karena itu Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap dsDNA..
3. Penghitungan konsentrasi asam nukleat
Konsentrasi asam nukleat dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA dengan konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang sama untuk molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260lebih kurang sebesar 25. Nilai A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan karena kandungan basa purin dan pirimidin pada kedua molekul tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260 purin tidak sama dengan nilai A260 pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama, nilai A260 -nya sudah pasti.
3. Kemurnian asam nukleat
Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbahA260 terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280sebesar 1,8. Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2,0. Protein, dengan λmaks = 280 nm, tentu saja mempunyai nisbahA260 /A280 kurang dari 1,0. Oleh karena itu, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA. Sebaliknya, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260/A280 kurang dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh protein.
e. Denaturasi termal dan renaturasi
Denaturasi termal adalah denaturasi asam nukleat karena suhu yang tinggi. Denaturasi termal pada DNA dan RNA berbeda. Pada DNA, denaturasi termal terjadi sangat cepat dan bersifat kooperatif. Sedangkan pada RNA denaturasi termal berlangsung secara perlahan dan bersifat acak. Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh atau melting temperature yang berkisar antara 80 ºC hingga 100ºC.
Renaturasi adalah pemulihan terhadap asam nukleat yang mangalami denaturasi termal melalui proses pendinginan. Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan hibridisasi.
